La hiérarchie officielle des agents est pensée selon les pokémon légendaire des différentes régions et de la puissance de ceux-ci. Il y a quelques exceptions par contre.
En premier lieu, le plus puissant des agents, le chef de la Team Infinity est Arceus. Il intervient rarement et on le voit jamais. Il s'occupe plus du côté administration de la Team. Il a cependant des attaques très puissantes comme Judgement, etc. C'est un personnage fictif non jouable. Sa véritable identité est Vulcain Rogers, un homme dans la quarantaine patient et ordonné, mais qui a bon coeur. Il n'a aucune famille, car sa dévotion pour son travail est ultime. Ce personnage sera joué quelquefois par un admin quleconque (Ultimate Boss, patron Suprème, UB). Pour une mission très spéciale ou quelque chose du genre. Les seules personnes cependant qui ont un contact direct avec lui sont les grands patrons, c'est-à-dire les agents qui sont juste après Arceus dans la hiérarchie, ainsi que ses assistants .
AInsi, à ce palier on retrouve, Lugia, Ho-oh, Groudon, Rayquaza, Kyogre,Dialga, Palkia et Giratina. Des personnages qui ne seront jouables que si une personne réussi à me prouver qu'elle en est capable. Ce sont des agents très influents et très puissants. Ils ont beaucoup d'expériences et ont travaillé pour la Team longtemps avant d'avoir été promu à ce titre (Grand Patron, Big Boss ou BB).
Tous les personnages suivant sont jouables selon les différentes inscriptions (Niveaux égaux)
Sous la gouvernance de Lugia et de Ho-Oh, on retrouve Articuno, Zapdos. Moltres, Entei, Raikou , Suicune et Celebi(statut agent).
Sous les ordres de Rayquaza, Groudon et Kyorgre, on peut compter Regice, Regirock, Registeel, Latios (homme obligatoire), Latias (femme obligatoire) et Jirachi (statut agent).
Sous le règne de DIalga, Palkia et Giratina )deux formes de transformation); Darkrai, Cresselia (femme obligatoire), Heatran, Mesprit, Azelf, Regigigas et Shaymin (deux formes de transformation, céleste et terrestre) seront de la partie (statut agent).
Enfin, il y a les agents spéciaux, qui sont: Uxie (chef du département du Savoir et de la connaissance ou DSC), Manaphy (chef du département Aquatique et Océanique ou DAO), Phione (assistant de Manaphy, personnage jouable des le début sans aucune quête, il deviendra éventuellement le véritable Manaphy), Deoxys (chef su département Intergalactique et Stellaire ou DIS) et finalement, Mew et Mewtwo, les assistants personnels de Arceus.